Struktura podmiotowa PFR Ventures opiera się na udziale Polskiego Funduszu Rozwoju Spółka Akcyjna, który jest jedynym właścicielem spółki z ograniczoną odpowiedzialnością. Dzięki temu łańcuch własnościowy prowadzi bezpośrednio od Skarbu Państwa, poprzez PFR, do PFR Ventures, co oznacza, że podmiot ten funkcjonuje jako jednostka zależna państwowego funduszu rozwojowego.
Zarząd PFR Ventures tworzą trzy osoby: Karolina Mitraszewska pełni funkcję Prezeski Zarządu, Aleksander Mokrzycki jest Wiceprezesem Zarządu, a Rozalia Urbane – Członkinią Zarządu. Wszystkie trzy są oznaczone jako osoby eksponowane politycznie (PEP) ze względu na ich zaangażowanie w podmioty z udziałem Skarbu Państwa. Rada Nadzorcza składa się z dziesięciu członków, wśród których wyróżniają się Jerzy Toborowicz, Zbigniew Karwowski, Krzysztof Wawrzyniak, Anne‑Marie Weber, Agata Wiśniewska, Zbigniew Hockuba oraz Aleksander Janiszewski – również oznaczeni jako PEP.
Podmiot posiada rozbudowaną sieć podmiotów zależnych i powiązanych, obejmującą m.in. PFR Koleje Linowe, PFR Mieszkania, Polskie Koleje Linowe, a także liczne alternatywne spółki inwestycyjne, fundusze venture capital oraz firmy technologiczne i prawnicze. Wśród powiązanych jednostek znajdują się m.in. FAIR AND SQUARE, PROVEGGO, GRUPA PKL, FUNDACJA CENTRUM STOSUNKÓW MIĘDZYNARODOWYCH, a także szeroka gama spółek inwestycyjnych nazwanych „INVESTMENTS” i „VENTURES”, które są powiązane z członkami zarządu i rady nadzorczej.
Z perspektywy AML należy zwrócić szczególną uwagę na trzy elementy: udział Skarbu Państwa w strukturze własnościowej, obecność licznych osób eksponowanych politycznie oraz skomplikowaną, wielowarstwową sieć podmiotów zależnych i powiązanych, co może utrudniać przejrzyste monitorowanie przepływów finansowych i wymaga podwyższonej kontroli ryzyka.