Polskie Koleje Państwowe S.A. jest spółką akcyjną, w której jedynym podmiotem nadrzędnym jest Skarb Państwa, co oznacza, że państwowy fundusz jest bezpośrednim właścicielem całej struktury. Wszystkie udziały spółki znajdują się w rękach Skarbu Państwa, co czyni go jedynym beneficjentem rzeczywistym.
W zarządzie i radzie nadzorczej PKP S.A. funkcjonuje liczna grupa osób publicznych: do rady nadzorczej należą Barbara Miszczuk, Łukasz Szarawara, Tomasz Warsza, Adam Orzechowski, Bartosz Nieścior, Jan Przywoźny, Leszek Miętek, Andrzej Massel oraz Marcin Skorupiński, a wśród nich wyróżnia się Andrzej Bułczyński, Dariusz Grajda i Paweł Lisiewicz, którzy jednocześnie pełnią funkcje członków zarządu. Do zarządu wchodzą Andrzej Bułczyński, Paweł Lisiewicz oraz Alan Beroud, przy czym Alan Beroud pełni także funkcję prezesa zarządu i jest wymieniony jako UBO. Prokurentami spółki są Monika Starecka i Mariusz Stec, a Dariusz Grajda oraz Paweł Lisiewicz pełnią dodatkowo role wiceprezesów zarządu.
Z perspektywy AML struktura wymaga szczególnej uwagi ze względu na udział Skarbu Państwa oraz liczne osoby będące osobami politycznie eksponowanymi (PEP), w tym członkowie rady nadzorczej i zarządu, a także wskazani UBO‑owie. Obecność wielu ról jednocześnie pełnionych przez te same osoby oraz powiązania z innymi podmiotami, takimi jak ENEA Wytwarzanie czy PKP Intercity, zwiększają złożoność struktury własnościowej i mogą wymagać dodatkowego monitorowania transakcji oraz weryfikacji beneficjentów rzeczywistych.